La conquête chrétienne définitive n'a eu lieu qu'en 1208, sous le règne du roi Sancho I, bien que la possession de la ville ait alterné entre les Maures, les Léonais et les Portugais pendant plus d'un siècle. Le roi Dinis la conquit définitivement pour le Portugal, en lui accordant une charte et en ordonnant la construction du château médiéval.

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Le traité d'Alcanizes (1297) confirme Almeida comme ville portugaise, faisant partie de la ligne de défense de la région de Ribacôa. Ce traité a été suivi d'une succession de renforts militaires de la part des rois Afonso IV, Pedro I et Fernando I, ce qui témoigne de l'importance croissante de la ville.

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Avec la restauration de l'indépendance, Almeida est devenue le siège de la province de Beira (1641), et la construction de la forteresse bastionnée en forme d'étoile a commencé. Tout au long des XVIIe et XVIIIe siècles, Almeida a été la cible de plusieurs sièges et attaques, et a été le théâtre d'épisodes notables des guerres de Restauration, de Succession d'Espagne et de Sept Ans. Le moment le plus tragique s'est produit en 1810, lors de la troisième invasion napoléonienne, lorsqu'une explosion dans l'armurerie a détruit une grande partie de la ville, tuant des centaines de personnes.