La conquista cristiana definitiva no tuvo lugar hasta 1208, durante el reinado de Sancho I, aunque la posesión de la ciudad se alternó entre moros, leoneses y portugueses durante más de un siglo. D. Dinis la conquistó definitivamente para Portugal, otorgándole una carta foral y ordenando la construcción del castillo medieval.

El Tratado de Alcañices (1297) confirmó la condición de ciudad portuguesa de Almeida, que formaba parte de la línea defensiva de la frontera de Ribacôa. A esto le siguieron una serie de refuerzos militares por parte de Alfonso IV, Pedro I y Fernando I, lo que reflejaba la creciente importancia de la ciudad.

Con la Restauración de la Independencia, Almeida se convirtió en la sede de la provincia de Beira (1641) y comenzó la construcción de la fortaleza bastionada en forma de estrella. A lo largo de los siglos XVII y XVIII, Almeida fue blanco de varios asedios y ataques, y escenario de episodios significativos en las Guerras de Restauración, la Guerra de Sucesión Española y la Guerra de los Siete Años. El momento más trágico ocurrió en 1810, durante la tercera invasión napoleónica, cuando una explosión en la munición demolió gran parte de la ciudad, causando la muerte de cientos de personas.